Les deux sont parfaitement compatibles. La page de skeptical science sur le sujet a une explication assez claire (en anglais). Le deuxième principe de la thermodynamique dit, en simplifiant fortement, que quelque chose ne peut pas devenir "spontanément" plus chaud. Mais le dioxyde de carbone rejeté par les actions humaines ne rend pas "spontanément" plus chaud la terre : il ne fait que "pièger" un peu plus la chaleur terrestre, chaleur qui elle-même vient du rayonnement solaire. C'est l'effet de serre.